태평양 심해에서 갑자기 외계와 통하는 포털이 생기고, 그곳을 통해 수십 마리의 카이주(Kaiju, 괴수)라 불리는 외계 거대 생명체들이 지구를 침공하기 시작한다.

인류는 괴수들과 싸우기 위해 "예거(Jäger)"라는 거대 로봇들을 만든다. 그러나 예거로도 끝없는 괴수들을 막기는 힘들었고 인류는 패배에 직면한다. 이제 인류는 두 명의 조종사에게 희망을 거니 퇴물로 전락한 전직 조종사와 경험없는 사관생도, 두 사람이 예거에 탑승하여 인류의 마지막 희망으로서 싸우게 된다.